La estructura institucional del Consejo de Europa reúne los elementos clásicos de otras organizaciones internacionales.
La dirige un órgano intergubernamental permanente, el Comité de Ministros 
que, asistido por un Secretariado, celebra reuniones semanales en su formato de Delegados de Ministros (los Representantes Permanentes ante la Organización) y semestrales o anuales de los Ministros titulares. Entre sus responsabilidades destaca la de supervisar la ejecución de las sentencias del Tribunal de Derechos Humanos. Creado en 1959 para velar por el respeto del Convenio Europeo de Derechos Humanos, el Tribunal atiende un creciente número de demandas individuales y es probablemente el órgano más visible del Consejo de Europa.
La Asamblea Parlamentaria, formada por diputados y senadores de los Estados miembros, celebra cuatro periodos anuales de sesiones plenarias. Remite recomendaciones y preguntas al Comité de Ministros. Los Presidentes de la Asamblea y del Comité de Ministros comparecen periódicamente en la sede del otro órgano para informar de los trabajos en curso.
Desde 1994, un Congreso Poderes Locales y Regionales representa la dimensión local y regional. La conferencia de ONGs coordina las aportaciones de la sociedad civil.
La Secretaria General del Consejo de Europa dirige la estructura funcionarial de la organización y por encargo del Comité de Ministros ejerce funciones de representación exterior.