Órganos de Dirección y mecanismos de funcionamiento
El Secretario General (actualmente el mexicano Ángel Gurría) está al frente de la Organización. Es el jefe del Secretariado, preside las reuniones del Consejo y asume la representación exterior de la OCDE.
 
El Sr. Gurría fue elegido en 2006 y reelegido en 2011 (su actual mandato concluirá en junio de 2016).
 
El Consejo está integrado por los Embajadores de los países miembros y es el órgano supremo de la Organización del que emanan todos sus actos. Además de las reuniones habituales a nivel de Embajadores, el Consejo se reúne una vez al año (normalmente en mayo) a nivel ministerial (Ministros o Secretarios de Estado de Economía o de Asuntos Exteriores).
 
El Consejo Ministerial o Reunión Ministerial (MCM) que se celebra en mayo, está presidido cada año por un país miembro. En 2013 Noruega es el país que ejerció la Presidencia, con Estonia y Australia como Vicepresidentes. En 2014 corresponderá a Japón la Presidencia.
 
El Consejo se apoya principalmente en el trabajo de tres Comités permanentes (Standing Comittees): el Comité Ejecutivo, el Comité de Relaciones Exteriores y el Comité de Presupuesto.
 
El Comité Ejecutivo, por su parte, está integrado por los Representantes Permanentes Adjuntos, prepara las reuniones del Consejo y trata cuestiones de funcionamiento de la Organización.
 
Además del Consejo y los Comités Permanentes, la OCDE cuenta con los Comités Sustantivos (que a su vez tienen grupos de trabajo subsidiarios), así como con otras estructuras informales como foros globales, y otros organismos semiautónomos, que alcanzan el número de 200 y que reúnen a unos 40.000 expertos al año. Entre los principales Comités Sustantivos destacan el de Política Económica (EPC), de Exámenes Económicos y de Desarrollo, de Ayuda al Desarrollo (CAD, que se distingue de los demás porque no todos los miembros de la OCDE pertenecen a él), de Inversiones, de Asuntos Fiscales, de Medioambiente, de Gobernanza Pública y Política Territorial, de Comercio y Agricultura, de Ciencia, Tecnología e Industria, de Empleo y Asuntos Sociales, de Educación, de Estadísticas etc…
 
El Mecanismo de Toma de Decisiones
 
Art. 5 de la Convención.- Para alcanzar sus objetivos la Organización puede:
- Tomar decisiones (que a menos que se indique lo contrario son vinculantes).
- Hacer recomendaciones.
- Concluir acuerdos con EEMM, países no miembros y otras OOII.
 
Art. 6 de la Convención.- A menos que la Organización lo decida de otra forma para casos especiales, las decisiones y las recomendaciones deben tomarse por Acuerdo Mutuo (o Consenso). La designación de casos especiales requiere unanimidad.
 
Las Reglas de Procedimiento aclaran la diferencia entre Unanimidad y Acuerdo Mutuo (o Consenso), así como su uso:
 
-Unanimidad: acuerdo expreso de todos los EEMM (no cabe la abstención). Se requiere unanimidad en casos excepcionales como adhesión de un nuevo país. Igualmente se requiere unanimidad para designar los casos que deben considerarse especiales, o para hacer excepciones.
-Acuerdo Mutuo (o Consenso): se refiere a la ausencia de objeción (con lo cual cabe la abstención). Este mecanismo de decisión es el que se aplica a la gran mayoría de los casos.
 
Para dar más agilidad a la toma de decisiones (en especial a las de menor relevancia), el Consejo llevó a cabo una reforma del mecanismo de toma de decisiones en 2004, introduciendo la figura de la Mayoría Cualificada (QMV, por sus siglas en inglés). El mecanismo de Mayoría Cualificada (MC) establece que en caso de no poder conseguirse un Acuerdo Mutuo (o Consenso), la decisión puede tomarse con el consentimiento del 60% de los EEMM, salvo que se opongan tres o más miembros y que representen al menos el 25% de la escala de contribuciones de la Parte 1. El mecanismo MC es pues solo aplicable a casos muy especiales: adopción del Programa de Presupuesto y Trabajo de la OCDE o la creación y/o supresión de Comités.
 
Financiación
 
El Presupuesto de la Organización (354 millones de euros en 2013) se elabora para  períodos de dos años (aunque formalmente se reconfirma cada año) y se compone de tres partes (Parte I, Parte II y Presupuestos Anexos):
 
La Parte I recoge los gastos de estructura y las actividades “centrales” de la Organización en todas las áreas y supone un 53% del total. La Parte I se financia mediante una contribución obligatoria de cada Estado que comprende dos elementos:
 
• Una contribución principal variable, que se calcula para cada país conforme al PIB relativo y
• Una cuota fija e idéntica para todos los Estados Miembros (dividiendo el 30% del presupuesto entre el número de Estados Miembros).
 
La Parte II recoge programas en los que no necesariamente participan todos los EEMM (ya sea porque no lo desean o porque no cumplen ciertos requisitos), además de que en algunos de ellos también pueden participar países no miembros. Su naturaleza es muy variada. Cada programa de la Parte II tiene su propio órgano de gestión, encargado de aprobar el presupuesto anual y las cuotas que cada país debe aportar para su financiación.
 
Los Presupuestos Anexos: Inversión, Pensiones y Publicaciones completan el presupuesto de la OCDE.
 
Contribuciones Obligatorias
En 2013 los contribuyentes al Presupuesto Parte I fueron: EEUU con un 21,58%, seguido de Japón con 12,88%, Alemania con 7,91%, Francia con 6,03%, Reino Unido con 5,31%, Italia 4,81%, Canadá 3,69%  y España figura en 7º lugar con el  3,51% (tras ellos se sitúan, Australia, Corea, México, Países Bajos, etc.)
Contribuciones Voluntarias
En 2012 la OCDE recibió 910 Contribuciones Voluntarias, que suman 115,20 MEUR, de los cuales 85,6 MEUR correspondieron a programas de la Parte I y 29,6 MEUR a programas de la Parte II.​

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