El Ministerio tiene tres Secretarías de Estado: de Asuntos Exteriores, para la Unión Europea, y de Cooperación Internacional y para Iberoamérica.
Ildefonso Castro López a été nommé secrétaire d’État des Affaires étrangères au Conseil des ministres qui a eu lieu le 2 janvier 2016.
Jorge Toledo Albiñana a été nommé secrétaire d’État à l’Union européenne au Conseil des ministres qui a eu lieu le 2 décembre 2016.
Fernando García Casas a été nommé secrétaire d’État à la Coopération internationale et à l’Ibéro-Amérique au Conseil des ministres qui s’est tenu le 2 décembre 2016.