El Ministerio tiene cuatro Secretarías de Estado: de Asuntos Exteriores y Globales; para la Unión Europea; para Iberoamérica y el Caribe y el Español en el Mundo; y de Cooperación Internacional.
Juan González-Barba Pera fue nombrado secretario de Estado para la Unión Europea en el Consejo de Ministros celebrado el 4 de febrero de 2020.
Juan Fernández Trigo fue nombrado secretario de Estado para Iberoamérica y el Caribe y el Español en el Mundo en el Consejo de Ministros celebrado el 20 de julio de 2021.
Pilar Cancela Rodríguez fue nombrada secretaria de Estado de Cooperación Internacional en el Consejo de Ministros celebrado el 20 de julio de 2021.