El Ministerio tiene cuatro Secretarías de Estado: de Asuntos Exteriores, para la Unión Europea, de Cooperación Internacional y para Iberoamérica y el Caribe, y de la España Global.
Luis Marco Aguiriano Nalda fue nombrado secretario de Estado para la Unión Europea en el Consejo de Ministros celebrado el 22 de junio de 2018.
Juan Pablo de Laiglesia y González de Peredo fue nombrado secretario de Estado de Cooperación Internacional y para Iberoamérica y el Caribe en el Consejo de Ministros celebrado el 22 de junio de 2018.
Irene Lozano Domingo fue nombrada secretaria de Estado de la España Global en el Consejo de Ministros celebrado el 11 de octubre de 2018.