El Ministerio tiene tres Secretarías de Estado: de Asuntos Exteriores, para la Unión Europea, y de Cooperación Internacional y para Iberoamérica y el Caribe.
Luis Marco Aguiriano Nalda fue nombrado secretario de Estado para la Unión Europea en el Consejo de Ministros celebrado el 22 de junio de 2018.
Juan Pablo de Laiglesia y González de Peredo fue nombrado secretario de Estado de Cooperación Internacional y para Iberoamérica y el Caribe en el Consejo de Ministros celebrado el 22 de junio de 2018.