De la Secretaría de Estado dependen seis Direcciones Generales:
- Dirección General de Política Exterior y de Seguridad.
- Dirección General de Naciones Unidas, Organismos Internacionales y Derechos Humanos.
- Dirección General para Iberoamérica y el Caribe.
- Dirección General para el Magreb, Mediterráneo y Oriente Próximo.
- Dirección General para África.
- Dirección General para América del Norte, Europa Oriental, Asia y Pacífico