Las principales funciones de la Embajada se centran en los contactos de Gobierno a Gobierno, promover las relaciones bilaterales entre España y Honduras en todos los ámbitos, proteger los intereses de España y dar protección y asistencia a los españoles, de acuerdo con las leyes y la normativa vigente.
La Embajada en Honduras dispone de una Sección Consular a través de la cual se ejercen las funciones en ese ámbito.